Programa Nacional para a Vigilância da Gravidez de Baixo Risco 2015
Programa Nacional para a Diabetes 2008
Programa Nacional de Prevenção e Controlo da Infeção por VIH/SIDA 2012-2016
Programa Nacional para a Prevenção e Controlo do Tabagismo 2012-2016
Programa Nacional de Saúde Ocupacional 2013-2017
Programa Nacional para a Promoção da Alimentação Saudável
Plano Nacional de Saúde Mental 2007
Plano Nacional de Prevenção do Suicídio 2013-2017
Programa Nacional para as Doenças Oncológicas
Programa Nacional para as Doenças Respiratórias 2012-2016
Programa de Prevenção e Controlo de Infeções e de Resistência aos Antimicrobianos
Programa Nacional para as Doenças Cérebro-cardiovasculares
Programa Nacional de Saúde Infantil e Juvenil 2013
Programa Nacional de Saúde Escolar 2015
Programa Nacional de Vacinação 2017
Programa Nacional de Promoção da Saúde Oral 2011
Programa Nacional de Diagnóstico Precoce
Programa Nacional de Saúde Reprodutiva
Programa Nacional de Cuidados Paliativos 2005
Programa Nacional para a Saúde das Pessoas Idosas 2006
Programa Nacional Contra as Doenças Reumáticas 2004
Programa Nacional de Prevenção de Acidentes 2010-2016
Programa Nacional de Erradicação da Poliomielite 2014
Programa Nacional de Eliminação do Sarampo 2013